23 दिसंबर, 1926 को अब्दुल रशीद नाम के एक मुस्लिम हत्यारे ने 70 वर्षीय स्वामी श्रद्धानंद की उस समय गोली मारकर हत्या कर दी, जब वे प्रार्थना कर रहे थे। श्रद्धानंद हिंदू संगठन आर्य समाज के सदस्य थे और उन्होंने धर्मांतरित मुसलमानों, विशेष रूप से उत्तर भारत के मलकाना राजपूतों को हिंदू धर्म में वापस लाने के लिए एक कार्यक्रम शुरू किया था। इस आंदोलन के कारण 1,63,000 से अधिक मलकाना राजपूतों को वापस हिंदू धर्म में लाया गया, जिससे श्रद्धानंद का उन मुस्लिम मौलवियों और नेताओं से सीधा टकराव हुआ, जिन्होंने स्वामी के खिलाफ हिंसा भड़काई थी।
हत्या के कुछ दिनों बाद, मोहनदास गांधी भारतीय राष्ट्रीय कांग्रेस के राष्ट्रीय सम्मेलन में भाषण देने के लिए गुवाहाटी गए। हत्यारे का वर्णन "भाई अब्दुल रशीद" के रूप में करते हुए, श्रोताओं को, जो पहले से ही उस मिलनसार साधु की हत्या से निराश थे, स्तब्ध करते हुए उन्होंने आगे कहा, "अब शायद आप समझ गए होंगे कि मैंने अब्दुल रशीद को भाई क्यों कहा है, और मैं इसे दोहराता हूँ। मैं उसे स्वामी की हत्या का दोषी भी नहीं मानता। दोषी तो वे ही हैं जो एक-दूसरे के प्रति घृणा की भावनाएँ भड़काते हैं।"[3] इस प्रकार, उन्होंने श्रद्धा नंदा को अपनी हत्या के लिए ज़िम्मेदार ठहराया।
गाँधी का हिंदू-विरोधी पूर्वाग्रह इतना स्पष्ट था कि सिंध के लुरवानी निवासी खलीफा हाजी महमूद नामक एक मुस्लिम व्यक्ति ने कहा कि "गाँधी वास्तव में एक मुसलमान थे।" इस कथन की सच्चाई श्रद्धा नंदा से जुड़ी एक अन्य घटना से स्पष्ट होती है।
1921 में, स्वदेशी आंदोलन के तहत, जब राष्ट्र ने ब्रिटिश कपड़ों का बहिष्कार करने का फैसला किया, तो गांधी ने आयातित कपड़ों की सामूहिक होली जलाने का आह्वान किया। जब श्रद्धा नंदा को इस बारे में पता चला, तो उन्होंने गांधी से कहा कि फेंके गए कपड़ों को जलाने के बजाय, भारत के बेहद गरीब लोगों में बाँट दिया जाना चाहिए। गांधी ने हिंदू नेता के सुझाव को अस्वीकार कर दिया और खिलाफत आंदोलन के नेताओं को तुर्की के मुसलमानों के इस्तेमाल के लिए पुराने कपड़े भेजने की अनुमति दे दी।
गांधी को न केवल हिंदुओं की भावनाओं की ज़रा भी परवाह नहीं थी, बल्कि उन्होंने मुसलमानों को एक स्वतंत्र नीति अपनाने की अनुमति भी दी। श्रद्धा नंदा ने टिप्पणी की: "मैं अपने ही लाखों गरीब लोगों को अपनी नग्नता ढकने के साधन से वंचित करने और उन्हीं कपड़ों को किसी दूर देश भेजने की नैतिकता को समझ नहीं पा रही हूँ।"
गांधी हिंदुओं के दुखों और कष्टों से कभी विचलित नहीं हुए। इसके विपरीत, उन्होंने मुसलमानों के प्रति अपनी सहानुभूति व्यक्त करने में कोई कसर नहीं छोड़ी। हिंदू-मुस्लिम एकता के उनके विचार के अनुसार, केवल हिंदुओं को ही बिना किसी विरोध के मुसलमानों के सभी अत्याचारों और जघन्य अपराधों को सहते हुए बलिदान देना चाहिए। यही गांधीवादी अहिंसा और धर्मनिरपेक्षता का आधार था।
गांधी ने दावा किया कि वे भगवद् गीता से प्रेरित थे। "अहिंसा परमो धर्म:" उनका पसंदीदा उद्धरण था, लेकिन उनके समकालीनों में से किसी ने भी गीता की जाँच करने और उनके चुनिंदा उद्धरणों का पर्दाफ़ाश करने की ज़हमत नहीं उठाई। कृष्ण माहेश्वरी हिंदूपीडिया में बताते हैं:
"अंग्रेज़ी शब्द 'नॉनवायलेंस' (जिसका अर्थ निरपेक्ष है) के विपरीत, अहिंसा का अर्थ सापेक्षिक अर्थ में अहिंसा है। कई बार हिंसा को भी अहिंसा माना जा सकता है, अगर उस हिंसा का इस्तेमाल और भी बड़ी हिंसा को रोकने के लिए किया जाए... एक हत्यारे को फाँसी देना राजा के लिए अहिंसा है। ऐसे व्यक्ति को मारना जो कई लोगों की जान ले रहा हो, अहिंसा है।"
जब भोपाल की हिंदू आबादी मुस्लिम नवाब के अत्याचारी शासन में पीड़ित थी; हिंदू लड़कियों का अपहरण और बलात्कार किया जा रहा था; हिंदू संस्कृति का विरोध किया जा रहा था, और तेज़ी से इस्लामीकरण हो रहा था; गांधी ने भोपाल का दौरा किया और घोषणा की, "भोपाल के लोग नवाब के शासन में खुश हैं। वह एक सादा जीवन जीते हैं और एक 'रामराजा' (धर्मी राजा) हैं।"
इसी तर्क से, गांधी को हैदराबाद के मुस्लिम निज़ाम को संन्यास लेकर मक्का चले जाने के लिए कहना चाहिए था। आखिरकार, हैदराबाद एक हिंदू-बहुल राज्य था। लेकिन उन्होंने यह घोषणा करके अपने विकृत रूप की और झलक दिखाई: "अंग्रेजों के भारत छोड़ने के बाद, हैदराबाद का निज़ाम ही भारत का बादशाह होगा।"