2 सितम्बर 1946 को जब अंतरिम सरकार का गठन हुआ।नेहरू ने राजेंद्र प्रसाद को खाद्य और कृषि के प्रभारी सदस्य के रूप में परिषद में शामिल किया। उन्हें खाद्य उत्पादन के विकास की तुलना में पिंजरापोल (गाय आश्रम) विकसित करने में अधिक रुचि थी।
बाद में वर्ष में, गांधीजी और सरदार पटेल के परामर्श से, कांग्रेस अध्यक्ष के रूप में नेहरू ने, राजेंद्र प्रसाद को संविधान सभा के अध्यक्ष के रूप में पदोन्नत करने का निर्णय लिया, जिसकी बैठक 9 दिसंबर 1947 को होनी थी। नेहरू ने राजेंद्र प्रसाद को इसकी जानकारी दी, जिन्हें वे राजेंद्र बाबू कहते थे। संविधान सभा के अध्यक्ष के रूप में चुने जाने से काफी पहले उन्हें सरकार से इस्तीफा दे देना चाहिए क्योंकि नेहरू का मानना था कि संविधान सभा जैसी संप्रभु संस्था का अध्यक्ष सरकार में उनके अधीनस्थ पद पर बैठे व्यक्ति को नहीं होना चाहिए। लेकिन राजेंद्र प्रसाद ने विरोध किया. अंततः गांधीजी ने हस्तक्षेप किया। उन्होंने राजेंद्र प्रसाद को बुलाया और अपनी एक सचिव राजकुमारी अमृत कौर की उपस्थिति में उनसे स्पष्ट रूप से बात की। गांधीजी ने उनसे कहा, "मैंने सोचा था कि आपने मुझसे कुछ सीखा है। मुझसे गलती हुई। आपको दो पदों पर रहने का कोई अधिकार नहीं है। वास्तव में आपको सब कुछ छोड़ देना चाहिए और मेरे साथ जुड़ जाना चाहिए।" इसके तुरंत बाद, राजेंद्र प्रसाद ने नेहरू को त्यागपत्र ऐसी भाषा में भेजा, जिससे लगे कि यह एक स्वतःस्फूर्त स्वैच्छिक कार्य था।
गणतंत्र के अस्तित्व में आने से पहले, राजाजी भारत के गवर्नर-जनरल के सिंहासन पर बैठे थे, जिस पर कभी वॉरेन हेस्टिंग्स, रिपन, कर्जन और कई अन्य लोग बैठे थे। उन्होंने खुद को बहुत गरिमा और सादगी के साथ संचालित किया। नेहरू चाहते थे कि राजाजी पहले राष्ट्रपति बनें। वह एक परंपरा स्थापित करने के लिए उत्सुक थे कि आम तौर पर, यदि प्रधान मंत्री उत्तर भारत से हो तो राष्ट्रपति दक्षिण से होना चाहिए। दरअसल, नेहरू ने आग्रहपूर्वक राजाजी को राष्ट्रपति पद की पेशकश की थी। नेहरू को राष्ट्रपति के रूप में राजेंद्र प्रसाद का विचार पसंद नहीं था क्योंकि वह बहुत रूढ़िवादी, परंपरावादी और कुछ हद तक दकियानूसी थे। उन्होंने कैबिनेट मंत्री और योजना आयोग के अध्यक्ष पद की पेशकश करके राजेंद्र प्रसाद को हतोत्साहित करने की कोशिश की। राजेंद्र प्रसाद को इस प्रस्ताव में कोई दिलचस्पी नहीं थी। नेहरू को जल्द ही पता चला कि अधिकांश कांग्रेसी सांसद राजाजी के विरोधी थे। सरदार पटेल तटस्थ दिखे, हालाँकि उनकी प्राथमिकता ज्ञात थी।यह राजाजी के लिए नहीं था यदि नेहरू दृढ़ रहते तो राजाजी निर्वाचित होते; लेकिन नेहरू को किसी भी महत्वपूर्ण मुद्दे को निर्णायक बिंदु तक ले जाना पसंद नहीं था, इसलिए अंततः वे पीछे हट गए, जिससे राजाजी को निराश होना पड़ा।
इस प्रकार 26 जनवरी 1950 को राजेंद्र प्रसाद गणतंत्र के पहले राष्ट्रपति बने। अफसोस, गणतंत्र के पहले राष्ट्रपति का पहला कार्य राष्ट्रपति भवन में अपने विंग से सभी मुस्लिम नौकरों को स्थानांतरित करना था। नेहरू नाराज़ थे. उन्होंने मुझसे हिंदू नौकरों के बदले में इन सभी मुसलमानों को सरकारी आतिथ्य संगठन में स्थानांतरित करने के लिए कहा। विस्थापित मुस्लिम नौकरों को प्रधान मंत्री के घर में ड्यूटी पर तैनात किया गया था, भले ही सुरक्षा अधिकारी इससे नाखुश थे।एक और बात जो नेहरू को नाराज़ करती थी, वह थी साधुओं के पैर धोने के लिए राजेंद्र प्रसाद का काशी जाना। अगर नेहरू को किसी चीज़ से नफरत थी तो वो थी पैर छूना.
एक और बात जिससे नेहरू नाखुश थे, वह थी राजेंद्र प्रसाद का सोमनाथ में उस प्रसिद्ध मंदिर के स्थान पर नवनिर्मित मंदिर में शिवलिंग स्थापित करने के लिए जाना, जिसे मुस्लिम आक्रमणकारियों ने नष्ट कर दिया था। नेहरू के पास जानकारी थी कि खाद्य और कृषि मंत्री के.एम. मुंशी ने सरदार पटेल की मिलीभगत से चीनी की कीमत बढ़ा दी थी और मिल मालिकों को मूल्य वृद्धि का आधा हिस्सा अपने पास रखने और बाकी सोमनाथ मंदिर के निर्माण के लिए देना था यह जानकारी नेहरू को काफी देर से मिली जब स्थिति को पुनः प्राप्त करना संभव नहीं था।
राष्ट्रपति को, संविधान के संक्रमणकालीन प्रावधानों के तहत, वायसराय द्वारा प्राप्त सभी वित्तीय आवंटन विरासत में मिले, जिसमें बहुत बड़ा मनोरंजन भत्ता भी शामिल था। सफल राष्ट्रपतियों ने राष्ट्रपति की परिलब्धियों और अनुलाभों के लिए संसद द्वारा कानून बनाने के सभी प्रयासों का विरोध किया है। राजेंद्र प्रसाद के लगभग पाँच वर्षों के कार्यकाल के बाद, राष्ट्रपति के सैन्य सचिव ने मुझे एक निजी नोट भेजा। यह कहना कि राजेंद्र प्रसाद ने मनोरंजन पर प्रति माह 225 रुपये से अधिक खर्च नहीं किया था और शेष अनुदान राजेंद्र प्रसाद द्वारा निकाला गया था और अपने कई पोते-पोतियों के नाम पर छोटी बचत में निवेश किया गया था। मैंने वह नोट प्रधानमंत्री को दिखाया, जिन्होंने कांग्रेस कार्य समिति की एक अनौपचारिक बैठक में लापरवाही से इसका उल्लेख किया। जगजीवन राम ने मामले की सूचना राजेंद्र प्रसाद को दी, जो मुझसे बहुत नाराज हुए।
टी. टी. कृष्णामाचारी के बजट में संपत्ति कर, व्यय कर और उपहार कर लगाए जाने के तुरंत बाद, राजेंद्र प्रसाद ने नेहरू से शिकायत की कि ये सब उन पर व्यक्तिगत रूप से कैसे प्रभाव डालेंगे। इसके बाद नेहरू ने जवाब में एक पत्र में उनसे पूछा कि क्या उनके मनोरंजन भत्ते का अप्रयुक्त हिस्सा सरकार को सौंप दिया गया है। इससे राजेंद्र प्रसाद चुप हो गए और अब वह अपने पोते-पोतियों का खजाना नहीं बढ़ा सकते थे।
1957 की शुरुआत में नेहरू ने आवेगपूर्वक राष्ट्रपति पद की पेशकश उपराष्ट्रपति राधाकृष्णन को की.नेहरू ने सोचा कि सात साल के कार्यकाल के बाद और अपनी बढ़ती उम्र में, राजेंद्र प्रसाद सेवानिवृत्त होना चाहेंगे। हालाँकि, राजेंद्र प्रसाद के विचार अन्य थे। वह पांच साल की एक और अवधि के लिए पुनः चुनाव के लिए उम्मीदवार थे। नेहरू को जल्द ही पता चला कि पंडित गोविंद बल्लभ पंत और कामराज नादर सहित अधिकांश प्रांतीय कांग्रेस नेता राजेंद्र प्रसाद के दोबारा चुनाव के पक्ष में थे। फिर, सच्चे लोकतंत्रवादी, नेहरू पीछे हट गए क्योंकि वह किसी भी चीज़ को चरम सीमा तक ले जाने के इच्छुक नहीं थे। इससे राधाकृष्णन के मन में खटास आ गई। वह उपराष्ट्रपति पद पर बने रहना नहीं चाहते थे। अंततः मौलाना अबुल कलाम आज़ाद ने उन्हें पद पर बने रहने के लिए मना लिया। राधाकृष्णन की कृपा के रूप में, नेहरू ने उपराष्ट्रपति को नंबर दो बनाने के लिए वरीयता वारंट में आदेश बदल दिया। उस समय तक उपराष्ट्रपति का स्थान प्रधानमंत्री के बाद तीसरा था। नेहरू ने उपराष्ट्रपति को भारत में यात्रा करने के लिए भारतीय वायु सेना के वीआईपी विमान का उपयोग करने का भी हकदार बना दिया। राधाकृष्णन को शांत किया गया। नेहरू ने राधाकृष्णन को यूनेस्को में भारतीय प्रतिनिधिमंडल का नेतृत्व करने के लिए कहा, और उन्हें उस निकाय की गतिविधियों में बढ़ती रुचि लेने के लिए भी प्रोत्साहित किया। उन्होंने राधाकृष्णन के लिए विदेश की सद्भावना यात्राओं पर जाने की भी व्यवस्था की।
एक समय नेहरू ने राजेंद्र प्रसाद को सुझाव दिया कि वह राधाकृष्णन को अपने कुछ औपचारिक कार्य करने दें। राजेंद्र प्रसाद ने बताया कि, हालांकि वे राधाकृष्णन का बहुत सम्मान करते थे और ख़ुशी से उन्हें अपने कुछ कार्य सौंपेंगे, लेकिन संविधान में इस तरह की कार्रवाई का कोई प्रावधान नहीं है। राजेंद्र प्रसाद सही थे.
हिंदू कोडबिल पर संसद में बहस के समय, राजेंद्र प्रसाद ने सांसदों को बताया कि वह व्यक्तिगत रूप से इसके खिलाफ थे। इस समय राजेंद्र प्रसाद ने नेहरू से बात की और उन्हें बताया कि, संविधान के अनुसार, राष्ट्रपति संसद का हिस्सा थे और वह जब भी चाहें, संसद में प्रेसिडेंट बॉक्स में रहना चाहेंगे। नेहरू ने दृढ़तापूर्वक अपना पक्ष रखा और राजेंद्र प्रसाद से कहा कि उनके संसद का हिस्सा होने का मतलब केवल यह है कि उन्हें वर्ष में एक बार दोनों सदनों के संयुक्त सत्र को संबोधित करना होगा; और संसद में प्रेसिडेंट बॉक्स केवल प्रतिष्ठित विदेशी गणमान्य व्यक्तियों और राष्ट्रपति के अन्य मेहमानों को समायोजित करने का एक शिष्टाचार था। हालाँकि, नेहरू ने उपकरणों की स्थापना की सुविधा देकर समझौता किया, जिसके माध्यम से राष्ट्रपति, राष्ट्रपति भवन में अपने अध्ययन से, संसद के दोनों सदनों की कार्यवाही सुन सकते थे। संसद भवन में हमारे कार्यालयों में नेहरू और मेरे लिए भी ऐसे यंत्र लगाए गए थे।
प्रथम राष्ट्रपति और प्रथम प्रधान मंत्री के बीच संबंध औपचारिक थे। राष्ट्रपति को सरकार और देश के विकास के बारे में सूचित रखने की संवैधानिक आवश्यकता को पूरा करने के लिए प्रधान मंत्री ने राष्ट्रपति के साथ साप्ताहिक बैठक की। एक-दूसरे के प्रति कोई व्यक्तिगत गर्मजोशी नहीं थी। वे अपने दृष्टिकोण में बिल्कुल अलग थे। राजेंद्र प्रसाद नेहरू के व्यक्तित्व से कुछ हद तक अभिभूत थे। हालाँकि, नेहरू राष्ट्रपति को सभी उचित शिष्टाचार दिखाने में असफल नहीं हुए; और वह सार्वजनिक रूप से राष्ट्रपति का सम्मान करते थे।
जब राधाकृष्णन राष्ट्रपति बने, तो नेहरू के साथ उनके संबंध मधुर थे। राधाकृष्णन अपने अनौपचारिक तरीकों से नेहरू को काफी हद तक प्रभावित करने में सक्षम थे। लेकिन यह अवश्य कहा जाना चाहिए कि 1962-64 की अवधि के दौरान नेहरू एक गिरते हुए व्यक्ति थे और खराब स्वास्थ्य से पीड़ित थे। नेहरू ने एक बार मुझसे कहा था कि, जब राधाकृष्णन सोवियत संघ में भारतीय राजदूत थे, मार्शल जोसेफ स्टालिन के साथ अपनी पहली मुलाकात में, उन्होंने सबसे अनौपचारिक तरीके से स्टालिन का अभिवादन करते हुए कहा, "हुल्लो। आप कैसे हैं?" और उसकी पीठ थपथपाई. राधाकृष्णन ने महारानी एलिजाबेथ के साथ भी लगभग यही किया।
दार्शनिक,
वक्ता और वाक्यांश-निर्माता, राधाकृष्णन निर्विवाद रूप से भारत के अब तक के सर्वश्रेष्ठ राष्ट्रपति थे, जो इस प्राचीन भूमि की सर्वोत्तम परंपराओं और संस्कृति का प्रतिनिधित्व करते थे।